ソフトがSDカードを読み取らないとのことですが、ソフトとはMOOCS PLAYERのことでしょうか？
私の方では特に不具合がでたことがないので、もし不具合がでたら私ならどこを確認するかで返答に代えさせていただきます。

１）SDカードリーダ・ライターのドライバのバージョンアップ
私が記事中で勧めたPanasonic BN-SDCGP3 の場合は以下に新しいバージョンのドライバやファームウェアが公開されているので、パソコンにインストールします。
http://panasonic.jp/support/p3/memory/download/index.html

２）PCを再起動し公式ページのガイド通りにもう一度操作をしてみる
http://moocs.com/guide/

これで駄目な場合は、以下を確認して各種メーカーに問い合わせをすると思います…。

確認点）SDカードがPC自体に認識されるかどうか。
SDカードをSDカードリーダ・ライターに挿入し、パソコンのUSBポートに接続します。
そして、PCの[スタート]→[マイコンピューター]でSDカードライターが認識されているかを確認します。
出るとすれば「リムーバル記憶域がある????」と書いてあるところです。
ここで認識されない場合は、他のUSBポートに接続したり、他のSDカード（あれば）で試したりします。
駄目な時はSDカードリーダーが認識しない点をパナソニックに問い合わせします。
http://panasonic.jp/support/inquiry.html
本体に認識されるのにソフトでは駄目な場合もその旨をパナソニックに。

以上自分に置き換えての返答になってしまい、もし既に試された事ばかりでしたら申し訳ありません。
慌てて書きましたので分かりにくい表現がありましたら、お手数ですが聞いて下さい。
状況が改善するよう陰ながらお祈りしてます。